La suite directe du célèbre Ocarina of Time, sorti deux ans après en 2000, relativement mal accueilli par la presse spécialisée à sa sortie, le jeu est effectivement radicalement différent du reste de la série. Si la progression semble relever du Zelda classique, se limiter à la trame principale serait passer à côté du jeu tant les quêtes annexes (très nombreuses et très longues) donnent la véritable mesure du jeu.
You've met with a terrible fate, haven't you?On (re)découvre Link, le héros d'Ocarina of Time, à la recherche d'un ami l'ayant quitté à la suite de ses aventures - ami qui ne sera jamais explicitement nommé de tout le jeu. Il est arrêté dans les Bois Perdus par Skullkid qui lui prend son cheval et l'Ocarina. Se lançant à sa poursuite, Link tombe dans une étrange crevasse le menant vers un autre monde. Skullkid, équipé du masque de Majora, maudit Link en le transformant en peste Mojo, une des peuplades d'Hyrule. Au bout de la cave, on se retrouve dans la tour de l'horloge de Bourg-Clocher, la "capitale" du monde alternatif, Termina. C'est alors que surgit le marchand de masques, demandant au joueur de récupérer le masque de Majora, qui lui a été volé par Skullkid, en échange de quoi, il rendra à Link son apparence normale.
D'emblée, le ton est donné : le jeu est sombre. Des Bois Perdus couverts de brume, avec un Link dépressif avançant péniblement sur son cheval, au sous-sol / égouts de la tour de l'horloge, en passant par la cave au bout de la crevasse, toute l'intro est sombre et dépressive. Le reste du jeu offre une palette plus variée mais restant dans les tons sombres, les couleurs dominantes étant le violet, le rouge et le vert.
Après la rencontre avec le marchant de masques, on découvre Bourg-Clocher, ainsi que la lune qui semble se rapprocher inévitablement pendant qu'un compte à rebours compte laconiquement les heures restantes jusqu'à sa chute finale, le soir du troisième jour. Bourg-Clocher est en ébullition : le carnaval a lieu dans 3 jours, c'est à ce moment là que la tour s'ouvrira et que Link pourra aller à son sommet où l'attend Skullkid. On découvre assez vite comment s'y rendre, on récupère l'ocarina et le chant du temps permettant de revenir à l'aube du premier jour, 72 heures avant la chute de la Lune. Le marchant de masques apprend alors à Link à transformer sa malédiction en masque lui redonnant son aspect normal. Puis s'ensuit un cours d'histoire sur le masque de Majora et l'importance de le récupérer à tout prix.
Le jeu peut alors véritablement commencer.
La crevasse menant vers Termina.Le marchand de masques.La lune s'approchant à vue d'œil, au cours des 72 heures de jeu.On n'apprendra rien de plus sur Majora, le monde de Termina, ou l'ami que recherche Link, ça n'est pas le but du jeu. La quête principale elle-même est remarquablement classique : débloquer le chemin jusqu'au donjon, récupérer l'arme, vaincre le boss, répéter le tout 4 fois.
Le véritable intérêt du jeu réside dans ses quêtes annexes et ses très nombreux PNJ. Généralement, dans Zelda, la plupart des PNJ n'ont guère d'importance, dans Majora, chacun a un emploi du temps très précis et consigné dans un journal prévu à cet effet. Il est tout à fait possible de rater une réunion avec un PNJ, d'échouer un événement, ça n'a guère d'importance, il est toujours possible d'aider les gens en retournant au premier jour et tout recommencer. On découvre assez vite qu'en plus de la lune, Skullkid a fait des misères à beaucoup de gens.
Il est ainsi possible de repousser des brigands, de réunir des amoureux, de sauver des vaches d'une invasion alien (si, si), bref, de jouer au héros. Ce héros que Link n'est plus puisque dans la nouvelle Histoire qu'il a contribuée à écrire, Ganondorf n'a jamais touché la triforce, il n'a jamais pris le contrôle d'Hyrule. Hyrule fut bien sauvée, mais personne n'en saura jamais rien.
A la fin du jeu, Majora se retranche dans la lune, qui se révèle être une plaine au milieu de laquelle trône un arbre et 4 enfants qui cherchent à jouer. Le cinquième est assis, seul, devant l'arbre et arbore le masque de Majora. Il propose à Link de jouer au méchant et au héros, Link prenant le rôle du méchant. Si le joueur a récupéré tous les masques du jeu, il donne également un dernier masque : celui d'une divinité maléfique qui fait du boss de fin une formalité, tant il est surpuissant. Utiliser ce masque ne change rien à la fin du jeu - Link ne passe pas du côté obscur - mais il permet de donner un point de vue différent au joueur.
Dans la lune.Fierce Deity Link.Aube d'un nouveau jour.La mort est un thème récurrent dans Majora, les trois masques principaux permettant à Link de se changer en Mojo, Zora ou Goron sont en réalité des représentations de personnages morts dont Link devra apaiser l'âme. La quatrième partie du jeu se déroule sur la partie Est de la carte, dans le royaume d'Ikana qui fut détruit par Majora. C'est un royaume mort, il n'y a plus âme qui vive à part un chercheur et sa fille. Les anciens soldats du royaume le défendent toujours sous forme de squelette dans le cimetière, les espions sont toujours présents sous forme d'esprits cachés dans toute la zone. La principale quête annexe, celle des amoureux, permet de les voir se retrouver 1 minute avant la chute de la lune, ils restent condamnés, le joueur ne peut que revenir dans le temps, effaçant toutes les actions ayant mené aux retrouvailles des amants.
Au tout début du jeu, peu après la transformation de Link en Mojo, on découvre un arbre mort qui ressemble étrangement à Link. À ce moment, il ne signifie pas grand chose. L'avant-dernière scène du jeu montre le majordome du roi Mojo en train de pleurer face à cet arbre. C'est son fils. On ne peut pas le sauver, on ne peut plus jouer au héros, on ne peut plus revenir dans le temps, c'est un nouveau jour. Le jeu est fini.